Los órganos de gobierno de Fedea son el Patronato, la Comisión Ejecutiva y el Comité Científico. Cada uno de ellos, celebra al menos dos reuniones anuales para supervisar el funcionamiento de la fundación y asegurar el cumplimiento de sus objetivos. El Director Ejecutivo y el Subdirector de la Fundación actúan por delegación de los órganos de gobierno de la Fundación.
Patronato
- Presidente de Honor: Sr. D José Vilarasau Salat
- Presidente: Sr. D. José Ignacio Goirigolzarri Tellaeche, CAIXABANK
- Sr. D. José Luis Acea Rodriguez, CORPORACIÓN FINANCIERA ALBA
- Sr. D. José Antonio Álvarez Álvarez, SANTANDER
- Sr. D. José María Álvarez-Pallete López, TELEFÓNICA
- Sr. D. Ángel Gavilán González, BANCO DE ESPAÑA
- Sr. D. Pello Xabier Belausteguigoitia, BANCO BILBAO VIZCAYA ARGENTARIA
- Sr. D. Antonio García Ferrer, FUNDACIÓN ACS
- Sr. D. Antonio Huertas Mejías, MAPFRE
- Sr. D. David Jiménez-Blanco Carrillo de Albornoz, BOLSA DE MADRID
- Sr. D. Antonio Llardén Carratalá, ENAGAS
- Sra. Dña. Laura Berjano Pérez, ABERTIS INFRAESTRUCTURAS
- Sr. D. Josep Oliu i Creus, BANCO SABADELL
- Sr. D. Ángel Símón Grimaldos, SOCIEDAD GENERAL DE AGUAS DE BARCELONA
- Sr. D. Jaime Terceiro Lomba, FUNDACIÓN RAMÓN ARECES
- Sr. D. Óscar Calderón de Oya (Secretario)
Comisión Ejecutiva
- Sr. D. José Ignacio Goirigolzarri Tellaeche (Presidente)
- Sr. D. Ángel Gavilán González (Vocal)
- Sr. D. Enric Fernández Martínez (Vocal)
- Sr. D. Juan del Alcázar Narváez (Vocal)
- Sr. D. Juan Antonio Mielgo Carizo (Vocal)
- Sra. Dña. Laura Berjano Pérez (Vocal)
- Sr. D. Antoni Bru Angelats (Vocal)
- Sr. D. Gonzalo de Cadenas (Vocal)
- Sra. Dña. Sofía Rodríguez Rico (Vocal)
- Sr. D. Jorge Sicilia Serrano (Vocal)
- Sr. D. Jaime Terceiro Lomba (Vocal)
- Sr. D. Óscar Calderón de Oya (Secretario)
Comité Científico
- Sra. Dña. Ana Isabel Fernández (Vocal)
- Sr. D. Xavier Freixas i Dargallo (Vocal)
- Sr. D. Francesc Ortega (Vocal)
- Sr. D. Jorge Padilla (Vocal)
- Sr. D. Rafael Repullo Labrador (Vocal)
Director: Ángel de la Fuente
Subdirector: Ignacio Conde